حيث يتم فيها ضخ الماء فى غشاء شبه نفاذ 0.0001 ميكرون لفصل الأملاح الضارة والمعادن الثقيلة بالاضافة الى الميكروبات ويتم التخلص منها عن طريق خرطوم الصرف .
لذلك تعتبر هذه المرحلة او الممبرين هي وحدة تنقية وتعقيم وتحلية للمياه في نفس الوقت.
يتم استخدام الممبرين بنظام النفاذية العكسية لإزالة الملوثات والشوائب والعوالق الدقيقة وبقايا المواد العضوية والعناصر الثقيلة من الماء، ويتم ذلك باستخدام ممبرين مصنوعة من مادة سليولوزية ذات طبيعة شبه منفذة وبدون أي تدخلات كيميائية. يتم تجهيز الماء المراد تنقيته بإزالة أي آثار لتفاعلات الكلور مع المتراكبات الكيميائية المنتجة عن الملوثات الزراعية والصناعية، ومن أهم هذه الملوثات الهيدروكربونات المكلورة التي تعد من المسرطنات. يتم ذلك عن طريق إحكام التخلص من جميع الملوثات والشوائب والعوالق الدقيقة في الماء قبل تنقيته باستخدام الممبرين.